「ETC前払割引」と「ETCマイレージサービス」は同時に使うことはできません。両方のサービスを使った場合は「ETC前払割引」が優先されます。つまり、前払い残金がある場合は、そこから減算されます。その分についてはマイレージはつきません。
「ETC前払割引」の残金がなくなった時点で、その後の料金についてマイレージポイントが付与されます。つまりマイレージポイントを貯めたい場合は、前払いをしなければいいのです。前払いの残金がなければ自動でマイレージが付与され、ポイントが貯まる仕組みになっています。両方のサービスを利用している場合でも、退会する必要はないということです。
ポイントがある場合の消化される順番は、

  1. マイレージのポイント
  2. 前払い残金
  3. ETCクレジットカード

という順番で支払がされます。
サービスの申込みはインターネットでそれぞれサービスごとに行なう必要がありますが、ID、パスワードはそれぞれのサービスで一元管理され、ポイントの確認や前払い残金なども簡単に確認できるようになっています。
【どちらが得?】
割引率は使える公団によって違うようですが、ほぼ同じとみていいでしょう。選ぶポイントは先に使うか後で使うかの違いになると思います。
高速道路をあまり使う機会がなく、たまに行く旅行などで行く先が決まっていて、交通費の高速道路の予算も決まっている場合は、「ETC前払割引」がいいでしょう。遠出をする場合は5万円分前払いすれば58,000円分の通行ができます。
継続的に高速道路を利用する場合は「ETCマイレージサービス」が結果的にお得だと思います。「ETCマイレージサービス」はポイント付与の単位が細かく、貯めるほど交換される無料分が多くなる仕組みになっています。前払いでいきなり5万円はちょっと勇気が要りますが、知らずに貯まった1000ポイントで8,000円分の無料通行分は嬉しいですね。
「ETCマイレージサービス」にもデメリットがあります。前払い割引の場合は、事前に通行権利を買ってしまうので利用できる範囲が広いです。ほぼどこの有料道路でも使うことができます。しかし「ETCマイレージサービス」はまだ始まったばかりなので使える区間が狭いようです。公団や公社によって使えない区間もあるようなので、事前にチェックが必要です。せっかく走ったのにポイントがつかない、ということもありえます。
また、ポイントが付与されるのは通行「事後」になります。つまり、後付の恩恵なので使いたいときに使えないこともあります。そのときは金銭的割引にならず、ポイントがつく、それを使うのは「次回利用時」となるわけです。
また、ポイントは最大2年という期限がありますので、使わずに終了してしまうことのないように気をつけなければなりません。自動還元システムなどで、還元するように設定しておくと便利でしょう。
2006.07.16(加筆修正)
ETC前払いはマイレージ割引に統合されました。
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